Шли годы. Менялись системы воспитания и обучения. Как результат - возникла необходимость в создании особого учреждения, где могли бы помогать детям с проблемами в развитии.
На основании приказа Министерства образования РСФР от 5 июня 1991 года № 180 «О ликвидации Республиканского санаторного детского дома…» был создан «Российский санаторно-реабилитационный центр для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей». Так получилось, что реорганизация совпала с распадом Советского союза. Сложности затронули и вновь созданный реабилитационный центр. Был период, когда его даже хотели закрыть. Но отстояли, и коллектив сохранили.
Условия в Центре улучшались с каждым годом, совершенствовались и методы учебно-воспитательной работы.
Несмотря на сложности, Центр развивался. Главным направлением медицинской деятельности стала профилактика и лечение детей с различными формами туберкулёзной инфекции. Была укреплена медицинская база, созданы биохимическая лаборатория, кабинеты функциональной диагностики, лечебной физкультуры и электросна. К диагностике и лечению заболеваний воспитанников стали привлекать узких медицинских специалистов. Помимо реабилитации большое внимание уделялось воспитанию и социализации детей и их всестороннему развитию. Сотрудники организовывали интересный досуг, разрабатывали новые игры, направленные на командообразование и на профориентацию. Именно тогда были придуманы мероприятия «Гуляй, город!», «Тропою доверия», «Кругосветка по Центру», которые проводятся и по сей день.
В марте 2014 года произошло знаменательное событие — Крым вошел в состав Российской Федерации. Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 29 августа 2014 года № 1157 «Российский санаторно-реабилитационный центр для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей» переименован в федеральное государственное бюджетное учреждение «Российский санаторно-реабилитационный центр для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей».
Новая веха в истории Центра началась 11 марта 2022 года, когда приказом Министерства просвещения Российской Федерации № 127 он был переименован в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение «Всероссийский детский центр «Алые паруса». Перед Центром стояла очень ответственная и важная задача, поставленная Министерством просвещения Российской Федерации - к началу летней оздоровительной кампании 2022 года пройти процесс преобразования и принять детей на отдых и оздоровление.
1 июня 2022 года, в Международный день защиты детей, произошло знаменательное событие – открылся Всероссийский детский центр «Алые паруса», пятый федеральный детский центр, подведомственный Министерству просвещения Российской Федерации, который наряду с «Артеком», «Океаном», «Орленком» и «Сменой» является нетиповой образовательной организацией, созданной для одаренных детей.
В ВДЦ «Алые паруса» приезжают талантливые школьники 5–9 классов с соматическими заболеваниями, с ограниченными возможностями здоровья, инвалидностью в качестве поощрения за хорошую учебу, успехи в творчестве, спорте и общественной жизни.
Сегодня «Алые паруса» находятся в дружном строю флагманов детского отдыха и оздоровления, а также являются федеральным ресурсным центром по вопросам организации отдыха и оздоровления детей-инвалидов и детей с ограниченными возможностями здоровья!